石峁遗址管理处内设八个科室：
（一）办公室
主要职责：综合协调各部门工作，督促管理处各项制度的落实，督办管理处重点工作。负责管理处党建工作。负责行政事务的处理工作，负责后勤保障工作。
（二）规划建设科
主要职责：负责编制石峁遗址相关规划工作。按照遗址规划，结合实际，科学合理安排实施各类项目。负责管理处文物保护工程和其他技术设备项目的招标和实施工作。负责审批遗址保护范围和建控地带的建设活动。负责对接各级政府、国土和安监等部门，保障管理处依法行使职权，实现对遗址的有效保护。
（三）宣传教育科
主要职责：负责管理处的宣传与教育工作。负责管理处基本陈列和各类展览工作。负责联系旅行社、宾馆及文化相关网站，进行展览推广及宣传，提升石峁遗址的知名度和社会影响力。负责管理处文化旅游产品的开发和经营工作。负责对接各级政府宣传部门和媒体，做好石峁遗址的公关工作。
（四）文物保护科
主要职责：全面负责管理石峁遗址范围内的文物保护工作。监控石峁遗址的保护范围和建设控制地带内的工程建设。负责石峁遗址的文物调查、征集和陈列展示工作。按照有关文保单位的安全管理规定，建立完善“人防、技防、物防”三位一体的安全防范体系，建立健全石峁遗址安全管理的各项制度，做好安防、消防等设施的管理、操作与维护。
负责遗址范围内所有标识、标牌等有关展示设施、设备保养与维修工作。在遗址保护范围内进行定期巡查，杜绝破坏遗址整体风貌、遗址本体和出土文物的现象。
（五）文化研究室
主要职责：负责征集、整理、汇总石峁遗址相关资料。
负责管理图书、档案等资料，并进行分类编目存储管理，为全处业务工作与学术研究提供资料和信息。负责编制管理处的内部期刊和工作简报。负责整理汇集有关石峁遗址的专著和论文，对接考古专家和科研院校，确保管理处掌握石峁遗址的最新学术信息。
（六）公共事务科
主要职责：负责各类公务接待和学术考察活动。负责管理遗址范围内的卫生和绿化等工作。负责确保遗址范围内的道路畅通工作。
（七）博物馆管理科
主要职责：认真宣传贯彻《中华人民共和国文物保护法》《陕西省文物保护条例》《陕西省石峁遗址保护条例》和《博物馆管理办法》等法律法规及相关政策，提高广大人民群众的文物保护意识，全方位地做好石峁及相关各类文物的保护、研究、宣传工作；制定石峁遗址博物馆发展目标，进一步完善各种措施，做好石峁及相关文物的保护利用工作，利用历史人文资源优势积极做好文创产品开发工作；配合国家、省文物考古研究部门做好石峁遗址的考古发掘；做好石峁文化遗存的历史内涵探源工作；收集采录石峁文化遗址各类重要文化信息；做好博物馆规划建设、管理和维护等工作。
（八）遗址监测科
主要职责：负责石峁遗址监测预警体系建设管理、运行维护。负责编制石峁遗址保护管理监测报告；配合做好世界遗产申报以及复查工作。负责组织开展石峁遗产监测、保护、管理工作及专项性保护监测工作；做好石峁遗址日常巡查管理工作；建立现代化全域全控的石峁遗址遗产数据中心，统筹管理更新所有与石峁遗址有关的保护、管理、考古、研究、监测和可移动文物等记录文件的整理、建档和数字化工作。完成石峁遗址管理处及上级文物部门交办的其他工作。
